您的问题我小时候看小说读古诗的时候也曾混淆过，后来才慢慢明白了：南方木瓜和北方木瓜不是一种植物，他们都有药用价值。
1、南方木瓜和北方木瓜不同，它们不是一种植物：
（1）南方木瓜的真名是番木瓜Carica papaya Linn. 番木瓜科植物。原产热带美洲，广植于世界热带和较温暖的亚热带地区。我国海南、云南、广东、广西、福建、台湾等省区已广泛栽培。因为是国外引种过来的所以带个“番”字，因为果实有点像北方的木瓜，所以也叫木瓜。
上两图分别为番木瓜的果和植株
（2）北方木瓜的应该是蔷薇科木瓜属植物的统称，有5个种，通常包含三种，木瓜Chaenomeles sinensis (Thouin) Koehne.、木瓜海棠Chaenomeles cathayensis 和贴梗海棠Chaenomeles speciosa (Sweet) Nakai 。见于诗经尔雅，投我以木瓜，报之以琼琚。西藏木瓜和日本木瓜也属木瓜树植物，但明显诗经时代见不到他们。北方木瓜产山东、陕西、湖北、江西、安徽、江苏、浙江、广东、广西，是正儿八经起源于中国的栽培植物。
上两图分别为北方木瓜Chaenomeles sinensis 的果花植株
2 南方木瓜与北方木瓜都有药用价值：
（1）据中国植物志介绍，南方木瓜（番木瓜）果和叶均可药用。据古籍介绍，番木瓜功能主治治胃痛，痢疾，二便不畅，风痹，烂脚。现代医学认为番木瓜具抗肿瘤 、抗菌和抗寄生虫、帮助蛋白消化，延长血凝时间、降压、抗凝作用、堕胎等等作用。
据药典介绍：木瓜蛋白消化物 Papaic Digest of Soybean Meal是从未熟的番木瓜中获得，可消化蛋白质的酶。为黄色或浅黄色粉末，在水中溶解。
最后，透露一点，番木瓜的木瓜蛋白酶有分解蛋白质的作用，用生番木瓜的乳汁或未成熟的番木瓜果实炒牛肉，非常嫩滑，一般人我不告诉他。
（2）据中国植物志介绍，北方木瓜Chaenomeles sinensis (Thouin) Koehne.入药有解酒、去痰、顺气、止痢之效。
中药木瓜Chaenomeles speciosa(Sweet)Nakai的果实
《中华人民共和国药典》认为中药木瓜为蔷薇科植物贴梗海棠Chaenomeles speciosa(Sweet)Nakai的干燥近成熟果实。
中药木瓜Chaenomeles speciosa(Sweet)Nakai的花与植株
中药木瓜用于治疗湿痹拘挛，腰膝关节酸重疼痛，暑湿吐泻，转筋挛痛，脚气水肿。夏、秋二季果实绿黄时采收，置沸水中烫至外皮灰白色，对半纵剖，晒干。中药木瓜产陕西、甘肃、四川、贵州、云南、广东，是正儿八经起源于中国的栽培植物。据中国植物志介绍，干制后入药，有驱凤、舒筋、活络、镇痛、消肿、顺气之效。
木瓜海棠Chaenomeles cathayensis (Hemsl.) Schneid.
另外，中国植物志介绍，木瓜海棠Chaenomeles cathayensis (Hemsl.) Schneid.产陕西、甘肃、江西、湖北、湖南、四川、云南、贵州、广西。生山坡、林边、道旁、栽培或野生，
果实也可入药作木瓜的代用品。
综上所述，南方木瓜是番木瓜Carica papaya Linn. 番木瓜科植物。北方木瓜的是蔷薇科木瓜属植物的统称，通常包含三种，分别为木瓜Chaenomeles sinensis (Thouin) Koehne.、木瓜海棠Chaenomeles cathayensis 和贴梗海棠Chaenomeles speciosa (Sweet) Nakai 。南方木瓜与三种北方木瓜都可药用。
所以，南方木瓜和北方木瓜不同，它们不是一种植物。南方木瓜和北方木瓜都可以做药。
希望我的回答对你有所帮助。
（本文插图引自中国植物志电子版）
南方木瓜是水果木瓜，营养丰富，有丰胸作用，北方木瓜是药用木瓜，据本草纲目记载无丰胸作用。
