第一任暨第三任院长杜聪明（ 1945.12-1947.3 ； 1948.7-1953.7 ）
1922年京都帝国大学授与医学博士，是日本帝大首次得到医学博士的外籍人士，亦首开台湾第一位医学博士，时人以「北有杜聪明」来称颂这位青年俊彦。
于1922年10月，自京都返台任医事教授，是台湾蛇毒、鸦片瘾者的统计及中药研究的权威。
台湾光复后，杜博士两度受聘为台大医学院院长，在台湾大学增设药学系及牙医学系，以培养医药人才贡献卓著。秉着其一贯精神，以「药学至上，研究第一」的态度专心致力医学教育工作，拟定台湾医学教育制度，并认为学人应抱有乐学至上，研究第一的求知精神。对学生除采取严格管理外，更极力爱护，尽量与学生接触，听取意见，给予帮助。
在师资延聘方面，尽量留用优秀的教授，并创设慰灵公祭表示对遗体捐赠者的追悼及感谢。杜博士对医界有深厚的期望，希望医界同仁以医学的学习为快乐，认识史怀哲 先生主张的「生命之畏敬，生命之尊严」，对任何生命都要敬重，不管贫富、地位高低及送礼之有无，以同样的仁心，尽其所能来治疗其病苦，对医学的研究以真挚的治学态度，发挥专长来促进医学之进步及增进人类之健康。 第二任院长严智锺（ 1947.4-1948.6 ）
1915年日本东京帝大医学士毕业，曾任北京传染病院院长，军政部军医校校长，于1947年起任台大医学院细菌学科教授，同年接任医学院院长，其任内医科定为六年制，并增设生理学科研究所及病理研究所。 第四任院长魏火曜（ 1953.8-1972.7 ）
1942年荣获东京帝大医学博士学位，1953年继杜聪明接掌台大医学院。在职19年间，台湾医学教育由全然袭自日制开始脱胎换骨，大力培植人才，以美援聘外籍顾问协助革新，并选送教授赴美进修，积极改善教学设备，提升教学质量。
为因应医疗人才人力的贫乏，陆续增设护理、医事技术、复健医学等科系，并着手进行各科系研究室兴建，设立八个研究所、三个博士班。为了提高临床医师的水平，及争取国内医界在国际舞台上的学术地位，首创小儿科医学会，并于医学会任内以理事长身份，力荐当局引进小儿麻痹沙宾疫苗。
由于从临床到学术成绩卓然，于1968年获选为中央研究院院士。1972年卸下院长职务后，转任台湾大学教务长7年余，致力校务现代化，直至1979年退休。由于其任内的努力，使国内医学教育从萌芽到茁壮，由殖民过渡到本土化，奠定了基础医学的根基，确立了临床制度的完整，并一手推动医疗相关公益事业。 第五任院长李镇源（ 1972.8-1978.7 ）
1945年荣获台北帝大医学博士学位。其致力药理学研究三十年，因台湾实际需要，对于蛇毒神经毒素之药理研究，成就特巨，所领导之台湾大学药理学研究所已列为国际蛇毒研究主要中心之一，故于1970年当选为中央研究院生物组院士。
1972年接任医学院院长，上任后为了改革兼差、开业、收受红包等积弊，除了全力推动「专勤制度」外，还聘请资深教授组成「医学院改革委员会」，希望能对台大医学院各种积弊大刀阔斧改革。除此之外，在每年新生训练时，一定告诉医学院学生「医生的天赋是为了帮助病人，不是为了赚钱，如果有人为了赚钱，应该转到其它学系」，令医学院学生印象深刻。
1976年荣获国际毒素学会 Redi 奖。 1986年自台大医学院退休，任台大医学院名誉教授。李镇源在求学时代酷爱阅读课外读物，在一本中学时代读过的日本小说中，有一段话令其永志难忘：「人既然来到这个世界，就应该把理想实现出来，在地球上留下足迹」，这句话后来成为他的座右铭。 第六任院长彭明聪（ 1978.8-1983.7 ）
1945年获台北帝国大学医学士，于1951年起任台大医学院药理学教授。
长期研究生殖生童；对于新生鼠之下视丘 , 脑下生殖器机能方面，研究其分化及老化之因，贡献甚多；所发表之研究成果，陆续受英美学者证实，故于1978年当选中央研究院院士。1978年接任医学院院长，任内增设临床医学研究所； 取消临床医学课整合教学制度，恢复各科独立教学；成立学士后医学系。 第七任院长杨思标（ 1983.8-1985.7 ）
1953年荣膺日本新泻大学医学博士，为国内胸腔内科知名权威学者，尤专长肺部 X 光片判读，对肺结核及肺癌研究、诊断与治疗，有独特的技巧与贡献。
于1983年接掌医院院长，在附设医院实施专勤制度（1984年8月），完成编辑《枫城四十年》，于1989年荣退，但服务杏林之精神仍不灭当年，贡献其所学及数十年之医务行政经验，远赴花莲接掌佛教慈济护专，主持校务，培植护理新军。 第八任院长杨照雄（ 1985.8-1987.7 ）
1960年荣膺日本松元医科大学医学博士。 1982年因「裸鼠继代之鼻咽癌细胞内的 EB 病毒基因之表现」的研究，获行政院杰出科技荣誉奖。
杨教授每天带两个饭盒，研究至夜晚，是杜聪明老院长的「研究第一，乐学至上」的奉行者。
其座右铭为：人生以服务为目的，尽量奉献而不求回报。任台大医学院院长以后，特别重视基础医学的研究，并想尽办法为其筹款，自许为医学院发展铺路。 第九任院长黄伯超（ 1987.8-1991.7 ）
于1958年荣获日本东京慈惠会医科大学博士， 1968年起任台大医学院生化学系教授。1979年因有关国人蛋白质需要量、一般营养状态及中国特有食品营养价值之研究，获颁教育部学术奖金。
于1987年接任医学院院长，为期全面提升本院专任教师教学、研究、服务之水平，建立教师再评估及续聘制度，特设「教师评估委员会」，凡教授、副教授、讲师自任现职之日起满四年，应即进行评估，其后每二年再评估一次。
各项综合表现不佳者，促其限于二年内改进，期满仍未见改进者，经委员二分之一以上同意，可建请校方不予续聘。另外任内促成与美国哈佛大学医学系学生之交流，扩大学生的国际视野。 第十任院长陈维昭（ 1991.8-1993.6 ）
1973年获日本国立东北大学医学博士，1989年获美国约翰霍普金斯大学公共卫生学硕士， 1983年起任台大医学院教授。
1979年因坐骨连体男婴分割手术之成功，广受国内外瞩目。
1991年接任医学院院长，为健全本院体整发展，促进院务改善，协助院长推动院务，特设立「院务咨询委员会」。另为整合并改进各科系所学生及附设医院医事人员之教学，特组成各科系所教育小组，并遴聘造诣高深之学者专家担任「讲座」。 1993年6月荣升国立台湾大学校长。 第十一任院长谢贵雄（ 1993.11-1994.7 ）
1965年台大医学系毕业， 1968年至1971年担任美国海军第二医学研究所研究员， 1982年起任台大医学院小儿科教授。为国内小儿过敏气喘研究的先驱，曾获国科会杰出研究奖，并多次担任国际学会主席，亦曾经担任多个学术团体的理事长。1991年任国科会生物处处长，负责推动全国生命科学研究，在各大医院大力整合中西医研究合作。
1993年经院长推选委员会遴选为第十一任医学院院长，任内为保障教师权益，增进和谐，拟设置教师申诉评议委员会，办理医学院教师申诉案件之评议。于1996年转任长庚儿童医院及长庚中医院筹备主任，致力于中西医学整合和中医药教育。 第十二任院长谢博生 （ 1995.8-2001.7 ）
1967年台大医学系毕业，1974年获日本东京医科大学医学博士，1983年起任台大医学院内科教授，1992年任本院教务分处主任暨附设医院教学副院长，负责规划并推动本院教育改革，
于 1993年八月至十月及1994年八月至1995年七月担任本院代理院长，于1995年八月经院长推选委员会遴选为第十二任院长，
谢院长上任后致力于改善教学制度，美化校园，整合学术研究，提升教育质量，提振人文精神，保存修复二号馆，规划筹建「会议中心暨医学研究中心」大楼及「药学暨护理大楼」等，促本院朝更具医学科学与人文结合之教育摇篮发展。 第十三任院长陈定信 （2001.8 -2007.7）
陈院长定信系1968年台湾大学医学院医科毕业，1975年于日本国立癌症中心研究所从事肝癌及肝炎研究，1979年至1980年于美国国立卫生研究院（NIH）肝炎病毒组担任客座研究员（ Visiting Scientist ），1983年起任台湾大学医学院内科教授，1987年至2001年任本院附设医院肝炎研究中心主任，1996年起兼任附设医院胃肠肝胆科主任，对于肝炎及肝癌研究蜚声国际， 1992 年当选中研院院士，2004年任世界肝脏医学会理事长（ International Association for the Study of the Liver, IASL ），2005年膺选美国国家科学院（ US National Academy of Sciences ）海外院士。
2001年8月经院长遴选委员会遴选为本院第十三任院长，就任后致力继续提升医学教育质量，培育优质医疗人员，期能服务社会，并盼毕业生能领导医界，造福人类。同时也努力提升本院之医学研究水平，为使同仁能顺利从事与基因体相关之研究，于2003年成立台大基因体医学研究中心，用心良苦。 现任院长简介
杨泮池教授1979年台大医学系毕业，1990年获得台大临床医学研究所博士学位。杨泮池教授致力于国人肺癌之致病机制及转移机转研究，曾获十大杰出青年奖、东元科技奖、台大特聘教授与讲座教授等殊荣，2006年更获选为中央研究院院士。自1998年起历任台大医院内科部主任、台大医学院教务分处主任、台大医院副院长等职务。
2006年经医学院院长推选委员会遴选为第十四任医学院院长，就任后致力于提升本院教学、研究及服务品质，加强研究团队之整合，强化教师、学生素质，期望将台大医学院朝向华人顶尖、世界一流学府的目标迈进。
