病因是指导致疾病发生的原因。中医认为人生存于自然界和社会之中，与自然界、与社会应该是一个和谐的有机整体，当这个整体的和谐性遭到破坏，就会导致个体疾病的发生。
不论是自然环境还是社会、社区、家庭、人际交往等因素发生异常变化时，都会成为导致疾病的原因。另一方面，人体自身是一个有机的整体，某一部分的变化也会影响其他部分乃至全身功能的变化。所以致病因素既可以来自外界，也可以来自人体自身。
中医病因学具有以下几方面的特点：
①强调正邪关系：正是指正气，即人体抵御外邪的能力，邪是指致病的邪气。正气与邪气是一对矛盾，在这两者之间，正气是决定的因素。《黄帝内经》指出“正气存内，邪不可干”，“邪之所凑，其气必虚”，在同样感受邪气的情况下，人体是否发病取决于自身正气是否充足。②审证求因：中医在分析病因时，一方面需要寻找疾病发生的直接因素，如突感风寒之后，出现恶寒发热等外感证候，感冒风寒是其直接的病因，但是在很多情况下，需要从病人临床表现的证候来分析原因，这就叫做“审证求因”。对于病因中的自然因素，多采用唯象的方法来认识和描述。例如在自然界中，风具有流动的特点，根据这一观察，得出“风性多动“
的结论。所以在临床上见到以动摇不定为主的病症时，其病因多归结于风邪。这种归纳的方法虽然非常直观、形象，却很符合中医学唯象思维中“观物取象”、“取类比象”的思维模式。③三因分证：中医把致病的原因归纳为内因、外因和不内外因三类，内因是指因情志剧烈变化而形成的致病因素，外因是指因气候变化而形成的致病因素，把这两种因素以外的其他因素称为不内外因。
为了便于掌握各种致病因素的致病特点，指导临床医生对疾病进行预防和治疗，从《黄帝内经》起就对病因种类进行了划分，提出了“夫邪之生也，或生于阴，或生于阳。其生于阳者，得之风雨寒暑；其生于阴者，得之饮食居处，阴阳喜怒”。将六淫邪气划分为“生于阳者”，将饮食居处失常划分为“生于阴者”，把病因分成了阴阳两类。
汉代的张仲景在《金匮要略》中把病因明确分成了三类：一是“经络受邪，入脏腑”，属内所因；二是“四肢九窍，血脉相传，壅塞不通”，属外皮肤所中；三是“房室、金刃、虫兽所伤”。
宋代的陈无择在《三因极一病证方论》中，以《金匮要略》的三类病因为基础，进一步提出了“三因学说”，将六淫邪气归纳为外因，七情所伤归纳为内因，饮食、劳倦、金刃、虫兽归纳为不内外因。在这里应当明确的是，陈无择所提出的“外因”、“内因”指的是导致疾病的病因来源及疾病发展趋势的由外而内或由内而外，并非指哲学上的内外因概念。“不内外因“是指六淫七情之外的致病因素。
中医的病因理论是根据长期的医疗实践观察和经验积累逐渐形成的，尽管陈无择的这种提法有不完善的地方，但他的“三因论”作为病因分类的一种方法，对后世影响很大。由于中医病因理论的内容与中医的诊断、辨证、治疗紧密相关，因而后世医家多结合陈无择的“三因论”将病因理论进行了总结概括，即外感病病因为六淫、疠气，内伤病病因为情志、劳倦、饮食，创伤病病因为金刃、虫兽等。
对于疾病，现代医学的宗旨是迅速的消除不适症状，然后长期服药控制使症状减轻或者不再出现，认为症状就是'病'，只要症状消失了，病就好了 ，而不去探究症状背后真正的原因。
而中医则认为症状不过是疾病的通讯员，就好比长期劳累过度容易得感冒，感冒的症状出现是因为疲劳，你的免疫系统强制你休息，而你只关注感冒的不舒服，而忽略自己的生活方式给身体带来的伤害。因此中医的病因就是过度劳累需要休息，而不是仅仅吃感冒药治感冒。
