灌肠的主要医学用途有：
作为局部泻药。在灌肠後病人随液体排出粪便有效）或者矿物油（润滑、软化粪便作用）。过去还有人使用肥皂水，但因容易导致结肠炎不再流行。
手术、检查（如结肠镜）之前用来清理肠道，一般用磷酸钠。
通过肠道向血管内给药。例如在病人严重恶心，口服止呕药困难的情况下。也可用来补充体液（参见给药途径）。
通过肛门局部给药。例如用可的松类药物灌肠治疗炎症性肠病（inflammatory bowel disease），以减少对身体其他部分的副作用。
有时全身麻醉也可通过灌肠给药。
肠道造影之前用硫酸钡等显影剂灌肠。
中药灌肠是喝中药吗，中药灌肠是什么
中药灌肠是把中药水剂通过肛门灌注在直肠的一种治疗方法
中药灌肠是治疗什么的
灌肠不是常用的疗法。能吃进去当然首选，正是吃不进去，或者吃药起效慢，才灌肠的。
中药灌肠首要作用对象，是结肠病，就是所说的大肠病，包括结肠息肉、结肠癌、顽固便秘等。直接用治疗性中药汤剂灌肠，可准确作用于病灶，消炎抗癌，或者软化大便、快速通便。
这些抗癌或者通便的药物，如果口服，会伤脾胃，作用针对性也不够。
第二适应症是难以口服中药的患者，或者便秘伴随高热、继续降温通便的患者（灌肠液是凉的，灌入可以快速降体温），或者因肝炎等病毒素（如胺类中毒）积累严重、需要通过灌肠排便快速清理毒素、防止毒素吸收的患者。
