新疆的中草药有：雪莲、鹿茸、鹿鞭、鹿筋、灵芝、冬虫夏草、红花、肉芙蓉、枸杞、罗布麻、朱砂莲、胖大海、红景天、紫草、锁阳、野西瓜…… 新疆辽阔的地域,复杂的气候因素和丰富的资源,为中草药的产业化、区域化发展提供了有利条件。中草药的应用十分广泛。
肉苁蓉又名苁蓉、地精等，列为科植物肉苁蓉的肉质茎。始见于《神农本草经》。肉苁蓉为多年生草本，高15~40厘米，茎肉质肥厚，圆柱形，黄色，不分枝或有时从茎部分出2~3枝，被多数肉质鳞片状叶，黄色至褐黄色，覆瓦状排列，卵形至长圆形披针形。穗状花序圆柱形，花多数密集。蒴果椭圆形，种子多数。花期5~6月，果期6~7月。生于盐碱地、干河沟沙地、戈壁滩一带，寄生在红沙、盐爪爪、红柳、梭梭、着叶盐爪、西伯利亚白刺等植物的根上。春季采着，称“田大芸”、“淡大芸”或“淡苁蓉”。秋季采者，因水分多，不易晒干，须投入盐湖中1~3年后取出晒干，称为“盐大芸”“咸大芸”或“咸苁蓉”。肉苁蓉含有微量生物碱及结晶物质。味甘、酸、咸，性温。具有补胃益精、润燥润肠之功效。主治肾虚阳痿、遗精、腰膝疼痛及肠澡便秘等症。主产于塔里木河沿岸和准噶尔盆地。这里的土壤很肥沃，地下水位较高，红柳、梭梭等植物生长茂盛，构成了肉苁蓉的生长的自然条件。产品以个体大、营养丰富、有效成分高为其特点。在准噶尔盆地边缘曾采到高1.8米，直径为8厘米，重6.1公斤的特大苁蓉。
罗布麻又名野麻、漆麻，又称“泽麻”。1952年在新疆罗布泊平原发现而命名为“罗布麻”。主要分布于塔里木河、叶尔羌河、开都河等河流两岸。集中产区在罗布泊平原尉犁县，位于塔里木下游，且有连片的草甸盐土上生长着枝叶茂盛、纤维品质优良的答话品种。罗布麻为夹竹科多年生长灌木植物，高约1~3米，茎直立、枝条对生，枝梢含白色乳汁；叶片椭圆形或披针形，聚伞花序，花冠紫红色至粉红色；种子多而细小，顶端有簇生白色细毛。药用全草，以叶为主，夏季枝叶茂盛时割下，打下叶，晒干即成。叶含云香甙、儿茶素、谷氨酸等，根含加拿大麻甙等。味苦、甘、性微寒。具清热降压、强心利尿等功效，治心脏病、高血压、神经衰弱、肝炎、腹胀、肾炎浮肿等症。新疆所产罗布麻据全国之首，除药用之外，麻皮为高级纤维原料。
紫草是新疆的大众药材。紫草科植物新疆紫草的根，始见于《神农本草经》。原植物为多年生草本耐寒，忌高温，怕水浸，土壤以石灰质土壤、沙质土壤土、黏土为佳，以种子繁殖。每年4~5月或9~10月挖根，除去残茎和泥土，晒干或用微火烘干即可。味苦、性寒。具凉血、活血、清热解毒之功效，治斑疹、丹毒、麻疹、痈肿等症。紫草的干燥根，名软紫草，高15~40厘米，全植被白色糙硬毛，茎直立、不分枝或茎部分兩歧，有丛生的基生叶和互生的茎生叶之分，均为线状披针形，花淡紫或紫色，生于茎顶端密集为头状，果为小坚果，宽卵形，淡褐色，表面有疣状突起。喜生于高山野草丛中或向阳坡地，天山南北普遍分布，均在海拔2000~3200米山区。其干燥根呈不规则圆柱形，略扭曲，长约7~20厘米，直径1~2.5厘米，表面暗紫色，顶端有茎基，皮部极疏松，成条状鳞片，常几十层重叠，易剥落成不整齐的条状鳞片，质松软而轻，易折断，断面呈片状，木部不明显，黄白色，成环状，中心有暗紫色大型髓。气特殊，味微酸。以粗大、色紫、质软及外皮成层剥离者为佳。通常在春季苗期或秋季果后采挖，因根部积累物质较多，质量较好。
