生产基地的选择是指在中药材开发初期，通过对产地生态环境条件的调查研究和现场考查，并对产地环境质量现状做出合理的判断。前面说过，中药材生产需要在适宜的环境条件下进行。生态环境受到污染、破坏，就会影响药材的数量和品质，因此产地生态环境条件是影响绿色中药材产品的主要因素之一。通过药材生产基地的选择，可以较全面地、深入地了解产地周围的环境质量现状，为建立绿色中药材产地提供科学的决策依据，为保证中药材质量提供最基础的保障。此外，通过生产基地的选择，可以减少许多不必要的环境监测，从而提高工作效率、减轻企业的经济负担。
中药材生产基地选择时调查研究和现场考查主要内容包括：①自然环境特征，即气象、地貌、土壤肥力、水文、植被等。②产地社会、人群及地方病的调查。③收集产地土壤、水体和大气的有关原始监测资料。④农业耕作制度及作物栽培情况，包括三年来化肥农药使用情况。⑤产地及产地周围污染源调查，包括工业污染源、生活污染源及交通污染调查等。
中药材产地选择的要求，主要是产地的生态环境，包括大气、水、土壤等。按照GAP指导原则，绿色中药材产地应选择在空气清新、水质纯净、土壤未受污染、农业生态环境质量良好的地区。即必须符合以下条件：
（1）大气 产地及产地周围不得有大气污染，特别是上风口不得有污染源，如化工厂，钢铁厂，水泥厂等，不得有有毒有害气体排放，也不得有烟尘和粉尘。
（2）水 生产用水不能含有污染物，特别是重金属和有毒有害物质，如汞、铅、铬、镉、酚、苯、氰等。要远离对水造成污染的工厂、矿山，产地应位于地表水、地下水的上游。尽量避开某些因地质形成原因而致使水中有害物质超标（如氟）的地区。
（3）土壤 土壤元素背景值于正常范围，符合绿色食品的土壤质量要求。产地周围没有金属或非金属矿山，并未受到人为污染。土壤中无农药残留。基地距主干公路线50～100米以上。土壤肥力符合中药材生产要求。
