中医学理论体系形成于战国至两汉时期，这一时期的哲学、社会科学、自然科学，特别是生物科学均取得了非凡的成就，为中医理论体系的形成奠定了医学观、自然观和方法论的基础。中医学理论体系形成的因素，主要有四个方面。
1.古代解剖及生理现象的观察。
2.长期医疗实践的反复验证。
3.古代社会和自然科学的渗透。
4.古代哲学思想的影响
中医学的理论体系受到（阴阳五行）学说的深刻影响，是以（整体观念）为主导思想，以（脏腑经络的生理和病理）为基础，以（辩证论治）为诊疗特点的医学理论体系
中医的历史
1，中医思想大约始于春秋战国时期，到汉代（东汉）的《黄帝内经》成书，标志着中医（汉医，也叫汉民族医学）的诞生。《黄帝内经》是个有相对较完整体系的医学著述。
2，中医是对上古巫医的反动。上古巫医的医学观念与《黄帝内经》等的草本医学体系不同。上古巫医认为人生病（包括其他事情）是由一些超自然力量导致的，也就是超自然力量降罪于人类。所以巫医的治病、躲病（预防疾病）方法就是祈求，磕头也好、念咒也好，都是在祈求这些超自然力量放过人，或者治愈生病的人。建立草本医，说明人开始怀疑超自然力量主导一切，有人觉得自然力量也会主导人，包括生病。寒、湿、热、毒、等也会使人生病。当然，阴阳、五行仍然占据了中医的主体（阴阳、五行是巫思想的主体）。
3，自汉朝建立中医（汉民族草本医）起，一直到民国初年，中医理论体系基本没啥变化（没有什么实践经验总结）。民国时期有个叫恽铁樵的人（后学中医），因为要对抗西医（现代医学），就把中医的一些传统理论改了，比如古代时观察人体结构的结论给改了，将古人说的有血有肉的实体器官都改成了看不见的功能性器官，把《黄帝内经》中所述的能看见的经络等都改为看不见的、虚化的功能性东西。也就是说，除了阴阳、五行等，恽铁樵把中医切割了。而现在的中医，包括教材、著作等都以恽铁樵的观点为依据。所以现在的中医和传统的中医有很多不同。
