山东中医药大学与安徽中医药大学相差不多，山东中医药大学略强。
一、学科评估特色对比。教育部第四轮学科评估结果，山东中医药大学中医学B，中西医结合C+，中药学C+；有国家级特色专业4个：中医学、中药学、针灸推拿学、制药工程。安徽中医药大学中医学B-，中西医结合B-，中药学C+；有国家教育部高等学校特色专业5个，中医学、针灸推拿学、中西医临床医学、中药学、药学。特色专业方面，两都有中医学、针推、中药，安徽中医药大学另有中西医结合和药学，山东中医药大学另有制药工程，数量上少一个，但中医主要的专业都包含了。中医药类大学，比较这些内容就基本能说明问题了，两校相差不多，山东中医药大学在权重最高的中医学上评级最高，应该是略高一点。
二、教学规模层次对比。山东中医药大学拥有28个本科专业，涉及医、理、文、工、管、法、教育等学科门类；有3个博士学位授权一级学科：中医学、中药学、中西医结合，共15个博士点，9个硕士学位授权一级学科共46个硕士点。在校生21000多人，其中研究生3000余人。安徽中医药大学有24个本科专业，有3个一级学科博士学位授予点，10个一级学科硕士学位授予点、20个二级学科硕士学位授予点、5个硕士专业学位授权点。全日制在校生15000多人，其中硕博研究生1300多人。规模山东中医药略大，层次相同全是本硕博。
三、学校地域加成对比。两校都在省会城市，山东中医药大学主体后迁入长清区，有点偏；安徽中医大学校区分4块，有点散。两校都有缺点。山东经济总体比安徽发达，济南比合肥有一定的优势，还是山东中医药大学好一些。
总体对比，山东中医药大学比安徽中医药大学好一些，但优势不算明显。
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