占地16亩的“百草园・杏林苑”于2006年6月23日建成开园，将景观、科普和教学融为一体，与中药标本陈列馆相辅相成，对公众免费开放。“百草园・杏林苑”是学校中医中药教学与研究的资源和社会科普教育的资源，在积极为学校的教学和研究工作服务的同时，也全方位为社会的科普教育活动服务。“百草园・杏林苑”融入、整合并依托整个校园丰富的中医药特色生态景观绿化，以点连面，充分呈现和展示“橘井飘香”的中医药文化氛围。整个园区被设计成八卦形与位于博物馆的“阴阳鱼”造型相对应，充分体现具有中医特色的万物众生皆阴阳平衡的特点。在面向社会的中医药科普教育活动中，主要接待大中小学生、社区居民等，举行包括常用药用植物品种识别、采集、观赏，挂牌、养护，观看药用植物专题短片等活动；开展青少年及科普对象参与的“挂牌认养”、“我与苗木同成长”、“采果标本发放”等活动；结合芳草园等园区的品种，开展“收集花叶闻香识药”、“采果收种选优建库”、“干花干草香熏摆件”、“功能植物餐饮食品”等趣味活动。引导观众了解、热爱中医药文化，鉴赏各类入药的奇花异草。“百草园”面积约8600m2，有平地栈道、多媒体教室、暖房、人工小溪等，由荫生园、水生园、丹桂园、藤蔓园、木兰园、灌木园、果树园、芳草园、茶艺园、香草园、盆景园、菜蔬园、品菊园、红豆园和引种园等组成，种植400多种常用药用植物，有“中华九大仙草”之首的铁皮石斛、珍贵的毛曼陀罗、百年首乌和杜仲、石斛、辛夷、银杏、藿香、紫苏、黄芩、玄参、野葛、百部、百合、猕猴桃、金银花等。“杏林苑”占地约2000m2，栽种杏树320余株。杏树由上海中医药大学系统师生、校友和单位认购。“神农尝百草”是一个古老而美丽的传说，“杏林春暖”也是医学史上流传了一千七百多年、赞美德医双馨的一段佳话，树魂立根、育人济世是上海中医药大学的职责，所以用“百草园・杏林苑”命名。
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