小柴胡丸，可以治疗外感引起的感冒或者肝气郁结引起的发热等情况。而藿香正气丸主要适用于夏天湿气重或者肠胃型感冒。所以两者是有区别的，而藿香正气丸还可以用于治疗风寒引起的腹泻，腹胀以及肚子疼的情况。在临床上一般常用于夏季的感冒腹泻